„Shadow Empires“ žaidime pristatėme naują koncepciją - Frakcijas. Žaidimo pradžioje žaidėjai pasirenka savo gentį ir papildomai frakciją. Yra 5 frakcijos. Kiekviena frakcija pradeda žaidimą skirtingoje žemėlapio vietoje:

Imperija – centre	Dinastija – pietryčiuose
Maištininkai – šiaurės vakaruose	Orda – rytuose
Marodieriai – šiaurėje

Iš pradžių tame pačiame regione startuos nauji konkrečios frakcijos žaidėjai. Kai ji bus užpildytas, naujesni žaidėjai pradės kurtis kitame šalia esančiame regione ir pan. Tai daugiau nepriklauso nuo kvadrantų ar atstumo nuo žemėlapio centro.

Regionai

Frakcijos ne tik nustato pradinę žaidėjų išsisėjimo vietą, bet ir įveda naują žaidėjų bendradarbiavimo lygį.
Regionus dabar užkariauja frakcijos, o ne atskiri aljansai. Tiek frakcijos, tiek aljansai, padėję užkariauti regionus, pelno pergalės taškus. Tačiau tik vienas aljansas gali naudoti regiono senovės galią. Norėdami gauti daugiau informacijos, skaitykite straipsnį apie regionus ir senovės galias.

Frakcijų žaidėjai ir aljansai

Žaidėjai pasirenka savo frakciją žaidimo pradžioje ir negali pakeisti šio pasirinkimo.

Aljansas priklauso to aljansą sukūrusio žaidėjo frakcijai. Vėliau to pakeisti taip pat negalima.

Tačiau žaidėjai gali laisvai įstoti į bet kurį norimą aljansą. Taigi, net jei pradėjote žaidimą „Sukilėliais“, galite įstoti į aljansą, priklausantį „Ordai“ ar bet kuriai kitai frakcijai.